Шест месеца след събитията в мангата "Yu-Gi-Oh!" Юги Муто и приятелите му са последна година в гимназията и обсъждат бъдещето си. Междувременно Сето Кайба организира разкопки, за да върне разглобения Хилядолетен пъзел от руините на Хилядолетния храм.
