I fremtiden har regeringens hær af dræberrobotter stort set udryddet mutanterne og deres tilhængere. Takket være Kitty Prydes særlige evner får dr. Xavier og Magneto sendt Wolverine tilbage til 1973. Her skal han overtale de yngre udgaver af Xavier og Magneto til at stoppe den skumle dr. Trask, før hans Sentinel-program træder i effekt. Samtidig er formskifteren Mystique ude efter Trask.
