En ond videnskabsmand, kendt som The Cobra, har udviklet en dræbende virus, som han vil afprøve på vinderen af det forestående verdensmesterskab. The Cobra vil derved overbevise en forsamling af internationale terrorister, om effekten af dette dødbringende våben. American Ninja deltager i verdensmesterskabet, og finder ud af The Cobra's ondskabsfulde planer. Han må nu kæmpe mod en hel hær af ninjaer for at komme frem til The Cobra's godt beskyttede laboratorium, for at fremskaffe modgiften.
