Dette er den sande historie, som Vatikanet og hele den katolske verden forgæves har forsøgt at undertrykke. Johanna vokser op i middelalderens Tyskland. Fordi hun ikke er en mand, kan Johanna ikke forfølge sine drømme. Alligevel studerer hun sine forbudte bøger i det skjulte. Da de barbariske normanere overfalder hendes landsby, forklæder hun sig som en mand og søger tilflugt i et kloster. Her begynder hendes utrolige rejse mod magtens tinder. For som man lærer Johanna healingens kunst, og hun bliver pavens personlige læge. Da paven pludseligt dør, er hun det oplagte valg som efterfølger. Uden at andre ved det, er hun blevet den første kvindelige pave nogensinde. Men hendes forklædning trues af den brændende kærlighed, hun føler for Ridder Gerold og deres fælles barn, som vokser i hendes mave. Og hvis hun bliver afsløret, er straffen tortur og en smertefuld død.
