Es ist kurz vor Weihnachten und es herrscht eisige Kälte. Wie jeden Tag erwartet Kyon nach dem Unterricht ein fröhlicher Nachmittag in der SOS-Brigade, die er zusammen mit seinen Mitschülern Mikuru Asahina, Yuki Nagato, Itsuki Koizumi und natürlich Haruhi Suzumiya verbringt. Selbstverständlich macht die Weihnachtsstimmung vor der quirligen Haruhi nicht Halt, die wieder allerlei Überraschungen für ihre Mitglieder geplant hat. Doch der Alltag gerät aus den Fugen, als eine Grippewelle die Schule erfasst und viele Schüler krank zuhause bleiben müssen. Auch Haruhi ist an diesem Morgen nicht auf ihrem gewohnten Platz hinter Kyon erschienen und irgendwie scheint mehr hinter dieser Sache zu stecken. Haruhi krank und verschwunden? Zweifel und Unbehagen kommen auf und die Suche nach Haruhi beginnt...
