»Megami Paradise« spielt in einer utopischen Welt, die nur aus Frauen besteht und von der gütigen Mamamega geleitet wird. Die Mamamega besitzt einen magischen Gegenstand, genannt den Astro Star, der das Böse von der Welt außerhalb des Paradieses absorbiert, in dem sie leben. Wenn der Astro Star mit schlechten Gedanken und Wünschen gesättigt ist, muss die Mamamega eine Zeremonie durchführen, um den Astro Star zu reinigen; anschließend übergibt sie die Position der Mamamega an ihre Nachfolgerin. Als die Geschichte beginnt, wählt die zukünftige Mamamega Lilith als ihre erste Miko (Schrein-Jungfrau) aus und beauftragt Lilith mit der Suche nach zwei weiteren Mikos, die als Wächter und Begleiter der neuen Mamamega dienen werden. Aber als Lilith geht, um zwei Rekrutinnen anzuwerben, kreuzt sie den Weg einer Gruppe, die andere Pläne für den Astro Star hat und das Paradies übernehmen will, in dem sie leben ...
