In Anknüpfung an den letzten Film macht Ranka immer mehr Karriere als Sängerin, während sich Sheryls Gesundheit immer mehr verschlechtert. Zur gleichen Zeit versucht eine Gruppe von Seperatisten die Vajra zu kontrollieren, indem sie hinterhältig die Fähigkeiten der beiden Sängerinnen ausnutzt. Während sich die gesamte Macross Frontier nicht nur den Vajra sondern nun auch den Seperatisten gegenüber sieht, entscheidet sich Pilot Alto endlich zwischen Ranka und Sheryl.
