Az előző részben megismert kishal, Pi immár erős és határozott vezetője a tengerben található egyik zátonynak, ami sok-sok élőlénynek szolgál lakhelyéül. A kedves kis állatok békében élnek egymás mellett, míg egy nap fel nem tűnik az ősi ellenség, Troy, a hatalmas cápa, akinek egyetlen célja van: lerombolni a zátonyt. Ráadásul segítségére van Ronny, aki valójában nem gonosz, de kénytelen engedelmeskedni, ha nem akarja, hogy cápareggeli legyen belőle. A kis tengeri közösség összefog, hogy megvédje otthonát és eközben nem tudják, hogy áruló keveredett közéjük. Ronny tengeri show-t szervez, azzal áltatva a többi állatot, hogy az emberek özönleni fognak, hogy megnézzék a műsort. Márpedig a cápák semmitől nem félnek jobban, mint az embertől. Pi azonban sejti, hogy ez a terv kevés lesz az óriási ragadozók távoltartásához. Így néhány vállalkozó kedvű halacskával más megoldást keres.
