Appena arrivata al misterioso istituto scolastico Ohtori, in cui le pareti sono in continuo movimento, Utena Tenjo viene confusa da tutti per un ragazzo. La ragazza ben presto si troverà coinvolta in una serie di duelli per l'ottenimento della "sposa della rosa", Anthy Himemiya, e soprattutto del potere che essa possiede. Contemporaneamente Utena si rincontra con Touga Kiryuu, suo ex fidanzato.
