Macross Delta è ambientato nell'anno 2067, otto anni dopo gli eventi di Macross Frontier. La storia si concentra su Walküre, una squadra di idol talentuosi e sul Delta Squadron, una squadra di esperti piloti di Valkyrie mentre combattono contro la Sindrome del Var, un misterioso fenomeno che sta consumando la galassia, insieme alla misteriosa squadra di caccia del Regno di Aerial Knights Valkyrie di Vento. Questo film ricompila scene dell'anime televisivo con nuove scene per raccontare una storia diversa.
