때는 서기 3000년, 제페토 박사는 사이버 펭귄 스펜서의 도움을 받아 피노키오를 탄생시킨다. 감정을 느낄 수 있는 슈퍼로봇으로 만들어진 피노키오는 다른 아이들처럼 학교를 다니며 인간 소년이 되고 싶다는 소원을 품게 되는데 홀로그램 요정인 시베리아는 피노키오가 옳고 그름을 배울 수 있게 되면 그 소원을 이뤄주겠다고 약속한다. 한편 스캠보빌 도시를 무자비하고 삭막하게 운영하는 시장은 자신이 만든 놀이공원이 아이들에게 철저히 외면받자 피노키오를 사악한 목적으로 이용해 복수하고자 하는데...
