1999년 1월. 고쿠토 미키야의 여동생이자, 마술사 견습생인 고쿠토 아자카는 어느 날 스승인 아오자키 토우코에게서 어떤 사건 조사를 의뢰받는다. 그것은 아자카의 모교인 레이엔 여학원에서 1학년 4반의 학생들의 기억이 요정들에게 빼앗긴다는 사건으로 아자카는 사건의 진상을 해명 및 요정을 다루는 마술사의 체포를 부탁받았다. 다만 아자카는 혼자는 요정을 볼 수 없기에 토우코는 비밀병기를 보내주는데, 그 비밀병기의 정체는 요정을 볼 수 있는 료우기 시키. 시키를 학원 학생으로 변장시키고 아자카는 사건의 조사를 시작하는데.....
![Image とある科学の超電磁砲[レールガン]S 大事なことはぜんぶ銭湯に教わった](http://i0.wp.com/image.tmdb.org/t/p/w300/yLQZ4XPVylnbRV7VYE23g5UnVwj.jpg?resize=300,450 "Image とある科学の超電磁砲[レールガン]S 大事なことはぜんぶ銭湯に教わった (2014)")
