2011년 바이러스에 의해 인류의 99%가 사망하고, 과학자 트레버 굿차일드가 개발한 백신으로 생존한 5백만명만이 그가 건설한 도시 브레그나에서 삶을 지속한다. 굿차일드 가문이 브레그나를 지배한 지 4백년, 완벽한 사회이자 최고의 문명을 구현한 브레그나에도 어두운 그늘이 존재한다. 언제부턴가 사람들이 하나 둘씩 사라지고 있지만 정부는 이를 조직적으로 은폐하고, 대부분의 시민들은 그런 정부를 묵인한다. 한편 브레그나에 감춰진 음모와 모순에 저항하는 저항군 모니칸은 최고의 전사 이온 플럭스를 정부 요새에 침투시켜 최고의장 트레버 굿차일드를 암살하려 하는데...
