Tegen de waarschuwingen van haar vader in gaat Crysta, de nieuwsgierige boomfee, op zoek naar de wereld achter FernGully. Ze ontdekt Zak, een levensgroot mens, die bezig is om het regenwoud te vernietigen. Wanneer Zak oog krijgt voor de schoonheid en magie van FernGully, zweert hij dat hij het zal beschermen.
