Scooby Doo en zijn bende maken een enge cruise naar een van de meest mysterieuze plekken ter wereld: de legendarische Bermuda Driehoek. De bende komt spoken en griezels tegen op elke hoek, van buitenaardse wezens tot angstaanjagende geestpiraten die graag cruiseschepen laten zinken met kanonskogels en garant staan voor heel wat maritieme waaghalzerij. Het gaat van kwaad tot erger als de geestpiraten Fred's ouders ontvoeren en Fred's moeder veranderen in een piraat. Als Scooby Doo, Shaggy en de bende dit maritieme mysterie niet kunnen oplossen, moeten zij misschien de plank op en worden ze de volgende slachtoffers van de Driehoek.
