Het jaar is 21XX. Reploids zijn nu gemeengoed, nadat Dr. Cain het oude laboratorium van Dr. Light heeft herontdekt en verschillende ontwerpen heeft gebaseerd op het origineel van Dr. Light, genaamd 'Mega Man X'. X heeft zich ondertussen aangesloten bij de Maverick Hunters en werkt samen met eenheidsleider Zero onder het bevel van commandant Sigma. Het is hun taak om reploïden die gewelddadig zijn geworden te stoppen.
