Kamina Ayato en Haruka Shitou, ontmoetten elkaar beide op 17 jarige leeftijd in Tokio. Het was duidelijk dat Haruka iets voor Ayato voelde. Echter, na een aanval van de Mulian op Tokio, ontstond er een barrière om de stad. Haruka wist te ontsnappen, maar Ayato zat vast. Haruka sluit zich aan bij TERRA, een organistatie die zich gespecialiseerd heeft in het verdedigen van de Mulian aanvallen. Hierbij hoopt ze haar vroegere liefde ooit terug te krijgen. Maar of zij haar missie kan volbrengen, Ayato (die inmiddels 12 jaar jonger is, omdat de barrière enkele vreemde werkingen heeft) om te brengen om zo te voorkomen dat hij de RahXephon kan gebruiken, is nog maar de vraag.
