De mensheid leeft al enkele honderden jaren ondergronds. In één van de ondergrondse steden wonen twee jonge mannen: Simon, die verlegen en naïef is, en Kamina, die gelooft dat er leven bestaat in de wereld boven hen. Op een dag stort de grot waarin ze leven in, en een gigantische 'Gunmen' en de mooie Yoko verschijnen. Simon vindt in het puin de mecha 'Lagann', samen met Kamina en Yoko besluit hij de mecha te besturen om bovengronds te gaan. De bovengrondse wereld is echter niet het droomland wat Kamira voor ogen had; deze wereld wordt beheerst door de Spiral King en zijn leger. Kamira en Simon, samen met hun nieuwe kameraden, besluiten het op te nemen tegen de Spiral King voor een betere toekomst bovengronds.
