Nu Motoko Kusanagi geen verantwoordelijkheid meer heeft tegenover de '501 Secret Unit', leert ze orders aan te nemen van Aramaki, hoofd van 'Public Security Section 9'. Er is namelijk iemand die een Logicoma (Logistics Conveyer Machine) heeft gehackt. De vraag is waarom. Binnen 'Public Security Section 9' ontstaan twee rivaliserende groepen. Aan de ene kant een groep onder leiding van Batou, die de hulp vraagt aan voormalig inlichtingenofficier Ishikawa en voormalig luchtartillerie-expert Borma. Aan de andere kant dwingt majoor Kusanagi de topsniper Saito zich bij haar team toe te voegen. De politie-agent Paz sluit zich vrijwillig aan bij haar team. De twee rivaliserende groepen vechten om een man die valse herinneringen heeft omtrent een vluchtelingenoperatie.
