Slechterik Shredder ontsnapt uit hechtenis en sluit zich aan bij de gestoorde wetenschapper Baxter Stockman en zijn twee onnozele handlangers, Bebop en Rocksteady. De Turtles proberen het duivelse plan van Shredder en zijn nieuwe crew om de wereld over te nemen tegen te houden, maar dan komt er nog groter kwaad op hun pad: de beruchte Krang.
