Via de mutant Jimmy heeft men een 'geneesmiddel' voor mutatie uitgevonden. Voor het eerst in hun leven hebben mutanten nu een keus: hun krachten, waardoor ze niet geaccepteerd worden door de samenleving, behouden of hun krachten opgeven zodat ze menselijk worden. Ondertussen probeert Magneto een leger mutanten bij elkaar te krijgen om het geneesmiddel te vernietigen en ontdekken Charles Xavier en zijn mutanten dat Jean Grey terug is. Maar ze is niet helemaal zichzelf.
