10 jaar na de Heilige Graal oorlog (een gewelddadige strijd tussen tovenaars waarin zeven meesters en hun opgeroepen dienaren vechten om de Heilige Graal, een magisch artefact dat iedere wens van de overwinnaar kan vervullen) breekt er een nieuwe oorlog uit in Fuyuki City. Shirou Emiya, de geadopteerde zoon van Kiritsugu Emiya die bij de vorige oorlog betrokken was, wil de laatste wens van zijn stervende vader vervullen.
