De plot van deze film speelt zich 30 jaar na de originele serie af. Wanneer een meteoor op het punt staat de aarde te naderen, ontmoeten Summer Adams, Cole en Bruno elkaar en werken ze samen om de invasie van Onimaro te stoppen met de kracht van een nieuwe Yo-kai Watch en Yo-kai die kunnen wisselen tussen Lightside en Shadowside. . De film zelf dient als proloog op de anime Yo-kai Watch Shadowside, die een paar maanden na het debuut van de film in Japan in première ging.
