De Aragami keren opnieuw terug om de stad te verwoesten, en het is aan het Terrestrial Administration Center om ze tegen te houden. De relatie tussen Fujimiya Momiji en Kusanagi Mamoru staat op springen; de rest van de TAC probeert alles op een rijtje te krijgen, zodat ze de Aragami effectief kunnen uitroeien. Een mysterieus meisje, dat beweert een half-Aragami te zijn zoals Mamoru, veroorzaakt ook chaos voor de TAC en Momiji. Zullen ze erin slagen om op tijd bij elkaar te komen?
