Op zijn verjaardag leert de elfjarige Jonathan Kent dat zijn vader Superman is en dat hij zelf latente superkrachten heeft. Kort daarop ontmoet hij de legendarische Batman en diens zoon en handlanger Damian Wayne. Jonathan, half Kryptoniaan, dompelt vervolgens onder in de gecompliceerde wereld van superhelden en -slechteriken als ze worden aangevallen door de kwaadaardige en buitenaardse Starro. In een race tegen de klok zal Jonathan zijn krachten moeten bundelen met Damian om hun vaders en de planeet te redden.
