De Mystery Inc. bende zijn ieder hun eigen gang gegaan, en zijn twee jaar gescheiden geweest wanneer ze elk een uitnodiging voor Spooky Island ontvangen. Ze ontdekken een amusementspark dat de jonge bezoekers op vreemde wijze beïnvloedt. Fred, Daphne, Velma, Shaggy en Scooby realiseren zich al snel dat ze het mysterie niet op kunnen lossen zonder samen te werken.
