To już 20 lat, odkąd Autoboty i Decepticony przebudziły się i wznowiły swą niekończącą się wojnę. Z Cybertronu, rodzimej planety Transformerów, wylatuje statek, na którym znajdują się najwierniejsi kompani Optimusa. Zmierzają oni na Ziemię, do miasta Autobotów, jednak nagle zostają zaatakowani przez Decepticony, które zabijają załogę statku i pod przykrywką atakują siedzibę swoich wrogów. Optimus postanawia raz na zawsze rozprawić się z Megatronem i wyzywa go na ostateczny pojedynek. Atak Decepticonów zostaje odparty, jednak ginie przy tym Prime, a jego zacięty przeciwnik zostaje poważnie ranny. W tym samym czasie w stronę Cybertronu zmierza Unicron - wielki Transformer żywiący się planetami. Pokonać go może tylko nowy przywódca Autobotów, używając Matrycy Przywództwa. Tę jednak chce zdobyć Galvatron - sługa Unicrona...
