O Império Galman foi destruído, mas o planeta Galmania não, por uma colisão casual de galáxias. Os mundos da Federação Bolar, incluindo o Planeta Bolar, são destruídos. O Yamato, de volta ao comando do Capitão Okita, encontra o planeta Denguil tarde demais para salvar sua civilização humanoide de ser inundada pelo planeta aquático Aquário. O sobrevivente Denguil, uma raça de guerreiros que acredita que apenas os fortes devem sobreviver, planeja usar Aquarius para inundar a Terra e destruir a humanidade, a fim de criar um novo lar para sua raça.
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