Aftermath é ambientado na nave USG O’Bannon, cujos tripulantes receberam a ordem de investigar a perda de contato com a USG Ishimura. No entanto, fragmentos do artefato Marker vermelho foram deixados na nave aparentemente abandonada, e quatro membros da tripulação se tornam vítimas de um novo desastre e de uma misteriosa conspiração governamental.
