Thomas och vännerna är tillbaka i ett helt nytt långfilmsäventyr! Den här gången tuffar han in i ett outforskat område och det blir hans största äventyr någonsin! När Thomas upptäcker en gammal bortglömd stad, Vattenköpinge, bestämmer Kontrollchefen att staden ska restaureras lagom till Rälsöns Dag. Ett nytt lok vid namn Stanley kommer till ön för att hjälpa Thomas med det stora arbetet. Stanley är ett väldigt användbart lok, han är stor och stark. Lite för stor och stark... och populär tycker Thomas som känner att hans position som Rälsöns bästa lok är i fara. Thomas försöker spela ett spratt med Stanley, men det går inte alls bra och det slutar med att Thomas försvinner och hela ön letar efter honom. Men gruvor, floder och berg kan inte hindra Thomas från att hinna få Vattenköpinge klart till den stora Rälsödagen!
