Фільм розпочинається з подій фільму «Ґодзілла проти Мехаґодзілли» (1974) — Ґодзілла здобуває перемогу над Мехаґодзіллою. Після битви Ґодзілла йде в океан, а агенти Інтерполу відправляють підводний човен для пошуку останків Мехаґодзілли. Несподівано з'являється величезна істота й розчавлює підводний човен. Екіпаж човна встигає відправити повідомлення про те, що їх атакував велетенський динозавр. Інцидентом зацікавилися учений Акіра Ітіносе та агент Інтерполу Дзіро Муракосі. З'ясовується, що кілька років тому доктор Сіндзо Мафуне повідомляв про те, що йому вдалося повернути до життя динозавра, але йому ніхто не вірив...
