健太是一名带著火暴兽四处旅行的训练家，途中，他与青梅竹马的玛莉娜在神奇宝贝中心巧遇，而后竟意外目击到火箭队使用奇怪的装置捕捉森林里的野生电气系神奇宝贝！原来，火箭队这次把矛头对准了电 气系神奇宝贝的守护神--传说神奇宝贝「雷公」，他们新开发出的装置「水晶力场发电系统」能够吸引电气系神奇宝贝接近，并且具有吸收、反弹电击的能力，无论多强大的电系神奇宝贝，一 靠近都无法安然离开。正当电气系神奇宝贝们陷危机之时，雷公出现了……！面对顶尖的邪恶科技，电气系中最强大的神奇宝贝雷公是否能成功粉碎火箭队的阴谋呢？而雷公对健太表现出的防备与敌意，又是怎麼一回事呢？少年与传说神奇宝贝的邂逅，将缔造神奇宝贝世界中最深刻的新世纪传说！
